研究領域
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(1) 魚類分子生理領域 因應全球環境變遷與全球暖化等環境的衝擊，本領域將以海水魚類、鮭魚、吳郭魚、鰻魚等魚種與無脊椎動物如蝦貝類為研究對象，於分子、細胞、組織與個體層次上探討魚類環境適應對生殖、發育、成長等生物恆定等分子機制為主要方向。研究重點包括：魚類的生殖策略、魚類腦部與生殖器官內分泌激素對魚類性別分化之影響、水生生物體內酸鹼的平衡的精確調控機制、魚類胚胎對水中化學物質含量變化之適應性基因表現與訊號傳遞等。 (2) 生態與演化生物學領域
藉從分子技術到野外觀測訓練探討各種時間與空間尺度下海洋生物的分布與變化，以及產生這些變化的機制、過程與影響。研究重點包括：生物與環境間之交互作用，以及如何影響到物種的分布與數量，族群動態，群聚組成的多樣性與穩定度，生態系的結構與功能，以及生物長時間的變遷 (物種的分化與演變，生物類群的親緣關係)等。
(3) 極端環境與特殊生物領域
台灣東臨西太平洋，海洋地質研究顯示南沖繩海漕的末端延伸至宜蘭外海的龜山島，約海平面下1200公尺深的海底火山口大量分布其間，特殊的地理景觀提供了不同的生命棲息環境，這是研究非地表生命圈的生物寶藏。本領域的研究重點將就「熱湧泉生態」，進行熱湧泉生態生物採樣與其生化特性分析及開發生物活性物質，包括：以基因解碼探討耐高溫之怪方蟹基因組成、由海大自行分離嗜極細菌NTOU1中開發耐鹽性之醣類分解酶，其他具生物附著及生物燃料產業潛力的特殊生物等，都是極具特色的生命科學研究。
(4) 水生動物疾病防治與疫苗開發
隨著經濟發展與國際間頻繁的往來，各新興傳染症成為限制水產養殖產業發展的重大瓶頸。本領域將結合免疫學、病毒學、分子生物學、水產養殖學、生物資訊與機電工程等專長師資，由基因調控及功能研究為起點，進而導入疾病防治策略與疫苗開發等產業應用課題。研究重點為以生物技術研發可解決產業問題之產品(快速檢測套組、水產疫苗與抗菌胜肽等)，並積極發展以分子標誌輔助育種，培育高抗病、成長快速、環境適應力強之優質品系。
(5) 海洋新資源素材開發與檢測領域
針對海洋環境資源的整體開發與永續性，將安排結合生物活性之篩選純化、分離分析、結構鑑定、生物資訊、生物製程、功能評估、安全毒理、永續管控等專業師資，並將海洋新開發之資源素材密切結合藥物開發、保健食材、機能飼料等相關產業，使理論成果轉化為產學績效。研究重點包括：探討因應地球暖化後的資源改變與短缺問題，確保海洋食物資源的有效新利用技術與應用層面、提升海洋資源的高度利用率降低廢棄率、醫藥化工及替代能源的新科技策略、以及高效率分離活性成分之檢定分析評估方法等。
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